Provsättning ackrediterade analyser vid SVA
Registrering, resultathantering och utbesvarning av analyser vid SVA hanteras via SVA:s LIMS system (datasystem för hantering av prover) som kallas SVALA.
Virologi
Serologiska metoder
- ELISA, antikropp
- FAVN
- Serumneutralisationstest
- Indirekt immunofluorescens
- Hemagglutinationsinhibitionstest
Provmaterial: helblod, serum, mjölk, äggula
Prover som kommer in från extern kund registreras i SVALA och proverna ges ett unikt materialnummer. Helblod centrifugeras och analyserna påbörjas samma dag som proverna anlänt till SVA genom inaktivering i vattenbad 30 minuter i 56°C för de prover som ska inaktiveras (SVA1709). Datum för provsättning (analysstart) är därmed det datum som framgår av sex första siffrorna i uppdragsnumret som finns angivet i svarsrapporten. Om inte de serologiska undersökningarna startas upp samma dag sparas de i kylskåp fram till att analyserna startas (se nedan).
Mjölk- och serumprover som utgör kontrollprogram för Bovint leukosvirus har redan vid ankomst ett unikt nummer och ges inte ett SVA-uppdragsnummer. Dessa prover centrifugeras ej och analyseras enligt överenskommelse med kund en gång per vecka.
För övriga prover som inte inaktiveras påbörjas analysen inom fem arbetsdagar med undantag för vaccinationskontrollen för rabies som analyseras varannan vecka.
Antigenpåvisande metoder
- PCR
- Virusisolering
- Western Blot
- Antigen Elisa
- Hemaglutinationsinhibitionstest
Provmaterial: virussuspension, hjärna, serum, äggula, allantois, organ
Prover som kommer in från extern kund registreras i SVALA samma dag som proverna anlänt till. vilket framgår av uppdragsnumret som finns angivet i svarsrapporten).
För interna prover som remitteras från Avdelningen för patologi och vilt (POV) sker påbörjande av analys inom tre dagar från det proverna lämnats över från POV till Avdelningen för virologi.
I de fall resistenta prioner misstänks för BSE/Scrapie/BSE/atypisk scrapie/CWD påbörjas western blot undersökningen enligt kundens (Jordbruksverkets) önskemål. Oftast sker detta omgående
Bakteriologi
Alla prover ankomstregistreras i SVALA, Proverna ges ett unikt materialnummer märks upp samma dag som de anlänt till avdelningen. Datum för provregistrering framgår av sex första siffrorna i uppdragsnumret som finns angivet i svarsrapporten.
Odlingsmetoder
Analyserna påbörjas samma dag som proverna anlänt till SVA genom utodling på relevanta odlingsmedium.
Undantag gäller vid odling av Mycobacterium paratuberkolosis (Paratuberkulos).
Vid misstanke om epizootiskt utbrott av Mycobacterium paratuberkolosis startas odlingarna för denna bakterie inom en till två dagar från att proverna anlänt till SVA, i annat fall startas dessa analyser inom 14 dar från att proverna anlänt. Fram till provansättning förvaras dessa prover i kyl.
Serologiska metoder
Helblod centrifugeras ner till serum samma dag som proverna anlänt till SVA.
Om inte de serologiska undersökningarna startas upp samma dag så sparas serum/mjölk i kylskåp fram till att de serologiska analyserna startas.
Merparten av analyserna startas upp samma dag som de anlänt eller i enstaka fall dagen efter att de anlänt. Undantag gäller vid analys av antikroppar för Leptospira, Salmonella eller Brucella.. Dessa analyser utförs inom fem dagar från att proverna anlänt till SVA.
PCR-metoder
PCR undersökning startas samma dag som proverna kommit in.
Undantag gäller för mastit-PCR för patogenerna Streptococcus agalacia, Staphylococcus aureus, Mykoplasma bovis). För dessa analyser förvaras mjölkproven i kyl och analyserna startas inom tre arbetsdagar från att proverna anlänt.
PCR-undersökning för Mycobacterium paratuberkolosis startas samma dag eller nästföljande dag vid misstanke om epizooti. I övriga fall förvaras prover som ska analyseras för Mycobacterium paratuberkolosis i kyl och analysstart sker inom fem arbetsdagar från att proverna kommit in
Masspektrometri (MALDI-TOF)
För bakteriestammar som kommer in från extern kund påbörjas analyserna samma dag som proverna anlänt till SVA.
Prover från Avdelningen för patologi
För interna prover som remitteras från Avdelningen för patologi och vilt (POV) sker påbörjande av analyserna enligt vad som är angivet ovan men där ankomstdatum istället räknas som det datum proverna anlänt till avdelningen för Bakteriologi (från POV).
Parasitologi
Trikinundersökning av tvärstrimmig muskulatur
Prover packas upp och registreras i SVALA samma dag de ankommer till SVA. Varje prov ges ett unikt materialnummer. Alla prov som anländer till laboratoriet före kl. 10.00 analyseras och svaras ut samma dag.
Flotation enligt McMaster
Prover (träck) packas upp och registreras i SVALA samma dag de ankommer till SVA. Varje prov ges ett unikt materialnummer. Prover prepareras samma dag eller senast efterföljande arbetsdag. Prov från djur med kliniska symtom prepareras och analyseras samma dag om de anländer till laboratoriet före kl 15.30.
Tritrichomonas foetus nötkreatur
Prov i form av sköljvätska från preputium/tampongprov från vagina i näringssubstrat skall vara laboratoriet tillhanda inom ett dygn efter provtagning. Prov packas upp, registreras i SVALA, märks med unikt materialnummer och placeras i inkubator samma dag de ankommer till SVA.
Patologi
Obduktioner
Alla djur som inkommer för obduktion under arbetstid registreras i SVALA samma dag och djuret ges ett unikt materialnummer.
Obduktionen påbörjas oftast samma dag eller möjligen dagen efter inregistreringen beroende på om djuret inkommer väldigt sent på dagen, är fruset eller om inga fler djur hinner omhändertas samma dag.
Preparat
Preparat (fixerat och/eller ofixerat) material som inkommer under förmiddagen registreras i SVALA systemet samma dag och ges ett unikt materialnummer och omhändertas för analys.
Preparat (endast fixerat) som inkommer efter lunch registreras i SVALA dagen efter och omhändertas därefter för analys.
Preparat (fixerat och ofixerat eller endast ofixerat) material som inkommer efter lunch registreras i SVALA systemet samma dag och ges ett unikt materialnummer. Här omhändertas det ofixerade materialet omgående (skickas ev. för analys vid annat laboratorium inom SVA). Analysen för det fixerade materialet påbörjas dock dagen efter.
Remittering av prover till andra avdelningar
Remittering av prover till andra avdelningar sker i samband med obduktion eller vid mikrospisk undersökning då bedömning görs ifall ytterligare mikrobiologiska analyser behöver göras. Remittering sker via SVALA och överlämning av proverna fysiskt till den analyserande avdelningen.
Fiskprover
Fisksektionen har egna laboratorier för patologi, virologi och bakteriologi. Ankomstregistring görs i SVALA samma dag som fisk, kräftor, skaldjur eller uttagna prover anländer till sektionen. Proverna ges ett unikt materialnummer där ankomstdatum framgår av sex första siffrorna i uppdragsnumret som finns angivet i svarsrapporten.
Ackrediterade metoder framgår under respektive område.
Obduktioner och provuttag, parasitologi
Provtagning vid obduktion
Provtagning i samband med obduktion/materialuttag
Obduktionen påbörjas samma dag eller möjligen dagen efter inregistreringen (ifall fisken inkommer väldigt sent på dagen eller är frusen). Inom ramen för obduktion görs bedömning av eventuella parasitfynd och prover tas ut för virusisolering, bakteriologi, svampodling eller histologi.
Remittering av prover
Prover för PCR-analys av kräftpest, encelliga parasiter eller virus hos musslor/ostron remitteras vidare till SVAs stora diagnostikavdelning direkt efter provuttag.
Virologi
Virusisolering samt typning (VHSV, IHNV, IPNV och SVCV med antigen-ELISA)
Analys påbörjas på ankomstdagen, genom att provet (organbitar i cellodlingsmedium) stomacheras. Därefter tillsätts PeST alternativt filtreras provet. Om PeST tillsätts ska provet vila i kyl till dagen efter och sedan centrifugeras. Det filtrerade provet alternativt supernatanten från centrifugering används sedan för inokulering av cellkulturer.
Remittering av prover
Prover med påvisat virus (VHS, IPN, IHN) remitteras vidare till SVA:s stora diagnostikavdelning för konfirmering med PCR och sekvensering. Vid påvisande av viruset SVC görs konfirmering med SN-test. Några ytterligare PCR-metoder för fiskvirus finns uppsatta vid SVA. Om viruset ändå inte kan artbestämmas kontaktas EU:s referenslaboratorium i Danmark för vidare analys.
Bakteriologi och Mykologi
Odling och typning av aerob bakterieflora
Antibiotikakänslighet (VetMIC Aquatic)
Detektion av Renibacterium salmoninarum med polyklonal antigen-ELISA
För vanlig bakteriologisk eller mykologisk odling påbörjas analys samma dag som provet anländer till laboratoriet (utstruket på agarplatta av obducent vid sektionen eller provtagare i fält) genom att proverna placeras i inkubator 19°C.
För analys av renibakterios/BKD med antigen-ELISA påbörjas analys inom åtta arbetsdagar efter ankomst. Om analys inte påbörjas på ankomstdagen förvaras proverna i frys (-20°C) fram till dess att analys påbörjas. Frysningen påverkar inte provets kvalitet. Att analysen inte alltid påbörjas direkt beror på att många uppdrag har samtidig odling av virus (prover inom offentlig kontroll) vilket tar två veckor att analysera innan provsvar kan gå ut. På första analysdagen för BKD kavlas en liten provmängd (njure), därefter tillsätts limonen. Större provmängd späds innan man tillsätter limonen och provet stomacheras. Därefter hälls proverna upp i rör och autoklaveras.
Remittering av prover
Prover med påvisad BKD remitteras vidare till SVA:s stora diagnostikavdelning för konfirmering med PCR.
Kemi
Kemiska analysmetoder för foder- och livsmedel och ackrediterad mikroskopering för bestämning av animaliska beståndsdelar i foder
Foder- och livsmedelsprover registreras i laboratoriedatasystemet samma dag som de ankommer laboratoriet. Analys av proverna startas vanligen inom fem arbetsdagar efter ankomst.
Analysmetod för urinvägskonkrement
Prov av urinvägskonkrement registreras i laboratoriedatasystemet samma dag som de ankommer laboratoriet. Analys av proverna startas vanligen inom tre arbetsdagar efter ankomst.
Metoder för dopningskontroll
Alla prover registreras i laboratoriedatasystemet samma dag som de ankommer. De första sex siffrorna i uppdragsnumret visar på ankomstdatumet. Analysstart för urinprover sker normalt på måndagar och onsdagar varje vecka. Blodprover centrifugeras samma dag som de ankommer och plasmafaserna separeras. Analysstart för plasmaprover sker normalt på tisdagar varje vecka.
Tidpunkter för start av analyser
En stor del av analysuppdragen som utförs vid SVA innehåller flera undersökningar och analyser där analysstart och avslut av de ingående undersökningarna/analyserna sker vid olika tidpunkter. Vanligt förekommande är även att analyserna utförs vid olika avdelningar då ett material kommer in till en avdelning som startar upp sina egna analyser men dessutom remitterar material vidare till andra avdelningar.
Att ange i svarsrapporterna under vilken tid provningen har utförts genom att ange ett datum för ”analysstart” känns inte relevant för vår verksamhet då det i uppdragets ”provning” ingår flera undersökningar och analyser med olika upplägg. Angivande av ett analysstartdatum i svarsrapporten skulle då bara gälla för den undersökning/analys som först startades i uppdraget. Det är dessutom ibland svårt att definiera vilket arbetsmoment som ska betraktas som analysstart för olika undersökningar och analyser.
Vi tolkar standarden som att syftet med kravet att ange ”när provningen är utförd” är för att kunden ska få information om hur proverna tidsmässigt har hanterats under analysprocessen vid SVA.
På svarsrapporterna som innehåller analysresultat finns en text som refererar till dokumentet på SVA:s webb enligt nedan.
”Om inget annat anges i denna svarsrapport så har de ackrediterade analyserna i uppdraget hanterats enligt de rutiner som finns beskrivna på SVA:s webbplats under ”Om SVA/Mer om SVA/Kvalitet.”
Ovan redovisas hur provhantering av ackrediterade analyser utförs vid SVA av de laborerande avdelningarna.
Andra tider för analysstart kan gälla om kunden har särskilt avtal som reglerar detta.