Levande vaccin
Levande vacciner innehåller levande, försvagade smittämnen som stimulerar djurens immunförsvar genom att djuren infekteras. Dessa vacciner är oftast billiga och relativt enkla att distribuera till stora flockar via dricksvatten eller som spray. Det finns dock undantag; exempelvis är vaccinet mot Mareks sjukdom ett levande vaccin som måste ges individuellt genom injektion. och vaccinet mot infektiös laryngotrakeit är ett levande vaccin som ges som en droppe i fågelns öga.
En vaccination med ett levande vaccin måste utföras med stor omsorg så att alla fåglar i flocken blir vaccinerade samtidigt med rätt dos. Om vaccinationen görs på fel sätt riskerar man att flocken får ett dåligt eller ojämnt skydd mot sjukdomen. Risken för biverkningar ökar också.
Särskilt när det gäller levande vacciner är det viktigt att tänka på att de lätt förstörs eller försvagas om de hanteras eller lagras felaktigt. Vaccinerna kan också förstöras innan de når ut till fåglarna, exempelvis vid dricksvattenvaccination om vattnet innehåller metalljoner, desinfektionsmedel eller surgörande medel etcetera. Vid dricksvattenvaccination brukar man därför tillsätta ett ämne som bland annat stabiliserar pH i vattnet för att skydda vaccinviruset.
Avdödat vaccin
De avdödade vaccinerna är, jämfört med de levande vaccinerna, relativt dyra och måste injiceras i varje enskild fågel. Dessa vacciner infekterar inte djuren och risken för biverkningar är därför låg. De avdödade vaccinerna innehåller nästan alltid oljeadjuvans för att ytterligare stimulera kroppens egen förmåga att utveckla skydd mot den aktuella sjukdomen. Vaccinerna ger ett mycket gott skydd som i regel varar livet ut, särskilt om fåglarna tidigare vaccinerats med ett levande vaccin mot samma smittämne. Avdödade vacciner ges framförallt till avelsdjur, men även till andra fjäderfä om levande vaccin saknas.
Nya typer av vacciner
Parallellt med de klassiska fjäderfävaccinerna (levande och avdödade) har under senare år introducerats nya typer av vaccin, exempelvis rekombinanta vacciner. Dessa vacciner består av en virusvektor, till exempel icke-sjukdomsframkallande levande kalkonherpesvirus med delar av ett annat smittämne (exempelvis infektiös laryngotrakeitvirus). Vaccinet kan ges till foster (i ägget) och till nykläckta kycklingar. Efter vaccination utvecklar fågeln skydd mot både virusvektorn och andra ingående smittämnen och det finns ingen risk för spridning av dessa. En nackdel är att dessa vacciner måste förvaras i flytande kväve och därför är mycket svåra att hantera. I Sverige är användningen av rekombinanta vacciner begränsad.