Genomik i Trichomonader; Lateral Genöverföring och Mål för Nya Läkemedel

Trikomonader är sjukdomsalstrande parasiter som infekterar djur som människor, nötkreatur, katter och fåglar. Dessa infektioner är svårbehandlade p.g.a parasiternas stora likhet med djur och de läkemedel vi riktar mot dem har svåra biverkningar. På senare år har det även visat sig att parasiterna utvecklar antibiotikaresistens. Lateral genöverföring (LG) erbjuder ett snabbt sätt att utveckla nya egenskaper, t ex antibiotikaresistens. LG kan vara lämpliga som mål för nya läkemedel eftersom dessa gener av prokaryot ursprung ofta saknas i dessa eukaryota parasiters genom. Vi har tidigare visat att ett stort antal gener i Trichomonas vaginalis har bakteriellt ursprung. Vi vill sekvensera genomen hos fyra arter av trichomonader.  Vi kommer då att kunna besvara frågor om trichomonadernas biologi, patogenicitet, värdspecificitet och evolution, med fokus på LG och dessa geners funktion. Den artspecifika fraktionen av varje genom kan användas för att designa molekylära markörer för diagnostik. Mål för nya läkemedel kommer att identifieras och testas på experimentell nivå. Vi strävar efter att bygga en robust och effektiv bioinformatisk plattform för att extrahera information från de genomiska sekvenser som produceras. Vi vill visualisera data i en lättillgänglig databas för att gynna spridning till forskarsamhället. Detta projekt kommer också att bidra med förbättrade diagnostiska verktyg samt nominera och testa tänkbara nya läkemedel mot trichomonadinfektion hos djur och människor.