Next generation sample preparation, high-throughput PCR and analytical techniques for the identification and characterization of pathogens using novel, customized microfluidic and detection platforms

Detta projekt avser att utveckla en diagnostisk plattform med banbrytande metoder för provpreparation, detektion och analys av virus och bakterier i djur och livsmedel.

Plattformen består av tre moduler. Den första berör provpreparering med hjälp av ultraljud och avancerade elektroforesmetoder. Dessa metoder delar upp provet i fraktioner, bland annat, virus i renad form. Fraktioner överförs sedan till den andra modulen för amplifiering/inmärkning. Proven delas upp i ett mycket stort antal separata reaktionsvolymer, typiskt i pikoliterstorlek. Denna uppdelning möjliggör analys av enstaka viruspartiklar eller nukleinsyrakopior. Nukleinsyra-amplifieringen görs med hjälp av PCR eller Rolling Circle Amplification (RCA) i separata pikolitervolymer. Den tredje modulen berör detektion av virus, virusstammar eller sekvensvarianter efter amplifieringen i modul två med hjälp av mikroarray, på chip eller i lösning.

Vi avser att utveckla ett modellsystem som med mikroarray kan detektera ett fyrtiotal olika virus och bakterier som orsakar sjukdom hos fjäderfä. Detekterade patogener ska också kunna subtypas, om relevant, samt virulenstypas. Detta är särskilt betydelsefullt för aviärt influensavirus som förekommer i ett flertal subtyper som inte ger sjukdom hos vilda fåglar men där vissa subtyper ger allvarlig sjukdom med massdöd i tamfågelbesättningar. Denna plattform ska tjäna som ett pilotprojekt för utveckling av liknande diagnostiska plattformar för andra relevanta djurgrupper.