SVA är nationellt referenslaboratorium (NRL) för veterinärmedicin i Sverige. Ett hundratal analyser är ackrediterade av Swedac, vilket innebär en kvalitetssäkring. SVA är också EU:s referenslaboratorium (EURL) för campylobacter, ett uppdrag som kräver att SVA:s diagnostik uppfyller särskilt högt ställda krav på kompetens och kvalitet. Syftet med referenslaboratorier är främst att harmonisera analysarbetet för att få resultat som präglas av hög kvalitet och enhetlighet. Verksamheten vid EURL och NRL som ska omfatta alla områden där det finns behov av analys och diagnosresultat inom foder- och livsmedelslagstiftningen och djurhälsa regleras av EU-förordning 2017/625.
SVA är också Sveriges största veterinärmedicinska laboratorium med diagnostisk kompetens inom områdena antibiotikaresistens, bakteriologi, foder, kemi, parasitologi, patologi och virologi. Här analyseras smittor och substanser som kan orsaka sjukdomar hos djur, liksom antibiotikaresistens. Vid SVA analyseras även prover avseende doping, foderkvalitet och forensik. SVA är det enda veterinärmedicinska laboratoriet i Sverige med såväl fullständig patologisk verksamhet (obduktion och mikroskopiska undersökningar) som säkerhetslaboratorier för diagnostik av särskilt farliga smittämnen, till exempel fågelinfluensa och mjältbrand.
SVA är en beredskapsmyndighet och har därför rätten att ställa om analysvolymen för myndighetsrelaterade uppdrag i samband med akuta sjukdomsutbrott.
SVA utför årligen cirka 400 000 analyser med fokus på myndighetsuppgifter och kunder. En stor del av de prover som skickas in till oss sparas och återanvänds, med uppdragsgivarens medgivande, inom forskning och som underlag för statistik.