Helgenomsekvensering av Salmonella Dublin stammar

På SVA finns tillgång till ett stort antal stammar från olika besättningar där vi har kännedom om vilka besättningar som förekommit inom olika utbrott. Relevanta stammar kommer att väljas ut och på dessa kommer helgenomsekvensering att genomföras. Resultaten kommer sedan att analyseras avseende likheter och skillnader.  

Bakgrund:
Smittspårningsarbete är ofta svårt att genomföra och i majoriteten av de besättningar där salmonella påvisats förblir orsaken till infektionen okänd. Att djurinköp utgör en risk för smittspridning av S. Dublin är idag välkänt. Däremot är andra spridningsvägar och betydelsen av dem inte särskilt väl utredd. Om djurförflyttningarna kontrolleras ökar den relativa betydelsen av andra spridningsvägar. För att kunna kontrollera smittspridning, vilket är en förutsättning för att kunna genomföra ett kontroll och utrotningsprogram för S. Dublin, är det därför viktigt att identifiera och utvärdera betydelsen av dessa. Det är här helgenomsekvenseringen kommer in som ett möjligt verktyg.

För virus har helgenomsekvensering utvecklats till ett mycket värdefullt verktyg i smittspårningsarbetet. Motsvarande utveckling pågår nu för bakterier. Helgenomsekvensering har med framgång använts för smittspårning för andra salmonellatyper men har ännu inte använts i någon större omfattning varken internationellt eller nationellt för S. Dublin.. För att kunna använda helgenomsekvensering för S. Dublin behövs kunskap om hur resultaten vid helgenomsekvensering skiljer sig mellan stammar inom samma besättning, mellan besättningar inom samma utbrott och mellan utbrott.

Subtypningsmetoder som t.ex. PFGE och MLVA av olika salmonellatyper har använts länge för att klarlägga smittkällor vid salmonellautbrott. Dessa metoder fungerar väl för många salmonellatyper men för S Dublin fungerar dessa mindre väl.

Under 1997 genomfördes PFGE typning av 89 S. Dublin stammar; 80 svenska isolat från perioden 1969-1995 och 9 isolat från importerade prover. Resultaten visade att svenska stammar kunde skiljas från utländska stammar med denna metod. Det fanns också skillnaden mellan grupper av de svenska olika isolaten.  Helgenomsekvensering ger oss en möjlighet att identifiera mindre skillnader mellan isolat än PFGE och MLVA. Helgenomsekvensering kan även ge information om ”riktningen” i släktskapet mellan isolat inom ett utbrott, d.v.s. vilket isolat som är förfader till vilket. Detta är svårare med MLVA och PFGE eftersom båda dessa metoder bygger på genetiska förändringar som kan vara reversibla. Vi har även större möjligheter att jämföra data från helgenomsekvensering med typningsdata från andra länder och institut, eftersom genomsekvenser kan laddas hem och direkt inkluderas i våra bioinformatiska analyser. PFGE-data kan inte överföras på samma sätt eftersom det är en svår metod att standardisera.