METASTAVA – ett One Health EJP-projekt

METASTAVA-projektet syftar till att standardisera och validera metoder för metagenomisk sekvensering av livsmedelsburna zoonoser, antimikrobiell resistens och andra organismer med potentiellt sjukdomsframkallande förmåga.

Metagenomisk sekvensering innebär att allt RNA och DNA i ett prov kartläggs och sedan matchas mot information i databaser. Denna analysmetod används i ökande utsträckning för att identifiera möjliga orsaker till oförklarade sjukdomsutbrott, för att komplettera resultat från traditionell diagnostik och att för att studera vilken roll grupper av mikroorganismer och virus kan ha ur ett sjukdoms- eller hälsoperspektiv.

Men metodiken är ännu inte standardiserad och validerad, vilket krävs för att den ska kunna användas för rutindiagnostik vid veterinär- och humanmedicinska laboratorier.

METASTAVA ska utvärdera i vilken utsträckning det kan vara möjligt att använda metagenomisk sekvensering i rutindiagnostik. Det kommer att ske genom riktade insamling av referensdata och referensmaterial, genom att generera fokuserade valideringsdata och genom att föreslå kriterier och verktyg för en robust kvalitetssäkring av metagenomiska arbetsflöden från provval till tolkning av resultat.

De modellpatogener som kommer att användas vid utveckling av metoder och datauppsättningar är hepatit E-virus, norovirus, zoonotiska poxvirus, antibiotikaresistenta bakterier och Shigatoxigenic Escherichia coli (även känd som Verotoxigena E. Coli, VTEC). Upplägget har koordinerats med andra forskningsinsatser inom OHEJP, till exempel COMPARE.

Projektet kommer att arbeta med följande områden:

• Utveckla en uppsättning referensdata som är representativa för de vanligaste provtyperna av modellpatogenerna,
  
• Utveckla harmoniserade arbetsflöden för att generera och analysera metagenomiska data som är avpassade till definierade diagnostiska tillämpningsområde för modellpatogenerna,
• Utveckla ett valideringsprotokoll för metagenom diagnostik (inklusive kvalitetssäkring och test av robusthet).

METASTAVA sammanfattar i versaler delar av projektets engelska titel: Standardisation and validation of metagenomics methods for the detection of foodborne zoonoses, antimicrobial resistance and emerging threats.